سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری نیز در شرایطی برگزار شد که کشور در اوج بحران سیاسی قرار داشت‌. تداوم جنگ تحمیلی و نیاز نیروهای جبهه به حمایت های لجستیکی، انسانی و همچنین تشدید ترورهای کور منافقین علیه مردم عادی کوچه و بازار دو بحران عمده کشور بود. نامزدهای این دوره از انتخابات عبارت بودند از: ‌آیت‌الله سید علی خامنه‌ای‌، سید علی اکبر پرورش‌، حسن غفوری فرد و سید رضا زواره‌ای. آیت‌الله خامنه ‌ای در این انتخابات که دهم مهر ۱۳۶۰ برگزار شد، در شرایطی به پیروزی رسید که ۳ ماه پیش از آن خود در مسجد ابوذر تهران مورد سوء قصد عوامل سازمان مجاهدین خلق قرار گرفته و از ناحیه دست و سینه به شدت مجروح شده بود. وی در این انتخابات توانست از مجموع ۸/۱۶ میلیون رأی ماخوذه، بیش از ۱۶ میلیون رای را از آن خود سازد و بالاترین درصد آرأ مردم را در جریان نه مرحله انتخابات ریاست جمهوری به خود اختصاص دهد. آیت الله خامنه‌ای که در سالهای پس از پیروزی انقلاب مسؤولیتهایی چون عضویت در شورای انقلاب‌، نمایندگی امام در شورایعالی دفاع‌، امامت جمعه تهران و نمایندگی مردم تهران در مجلس شورای اسلامی را بر عهده داشت‌، دو دوره چهار ساله در سمت ریاست جمهوری خدمت کرد.